国家审计局公布：“至2011年底，8个重大专项有93%应验收课题未完成验收”，“有2个专项134个十一五课题尚未验收”，“并提到84个课题的2401项成果中有582项是用其他科研课题的成果冲抵的”。未完成验收有两种情况：一种是研究工作已全部完成，但未组织验收，责任在各级领导，另一种情况是研究工作未能按期完成，不能结题验收，责任在科研人员，特别是专项负责人及课题组长。无论那种情况都是不应该的，说明科技管理中存在严重缺欠。国家投入347.61亿元，动员数以万计的科技人员，历时5年，人力、物力、财力投入都是空前的，科技管理的混乱也是空前的。
“十一五”国家重大科技专项至今不能全部验收，有一个重要原因是科研经费下发太晚，课题启动半年时分文未给，一年后才发给一小部分，直至课题快要结束时，突然全部经费到位，迫使科研人员突击花钱，延迟了科研进展，不能按期完成全部工作进行结题验收，也使科研经费的使用和支出存在很多问题。但这仅是原因之一，更多的原因是：
重大专项的顶层设计，目标、任务、思路、要求等有无问题？正副总设计师、首席科学家、专家组主要成员等，指导思想、管理措施、决策与执行等一系列环节中有无问题？招标指南、选题立项、经费分配的原则与具体实施、有无问题？申请者的申请书、目标、内容、要求及措施，是否符合事实，符合科技发展要求？是否为了竞争的需要，故意拔高内容、水平及工作量，脱离实际能力，中标后无力完成计划。在审评标书分配经费时，是否有非学术性因素的影响？是领导者、决策者、管理者的问题？还是被管理者、科技人员的问题？是下边浮躁还是上边更浮躁？是科学技术问题？经济问题？或是多方面问题的综合影响？审计是重要的，很多重大问题是审计发现的，但仅仅审计是不够的，需要多方面、多层次、多因素的全面审查，发现更深层次的问题，应该分清那些是科技部及各级主管部门的问题，那些是重大专项负责人、课题组长的问题，那些是政策、行政，组织管理问题，那些是科学技术问题，才能从根本上扭转这种混乱局面。
很多专家反映大量问题，提出很多宝贵的意见与建议，但未引起足够的重视，及时改进，日积月累终成“沉疴痼疾”，为了尽早扭转局面，实现科技改革，提出一些建议供参考。
一、建议由第一线科技人员及相关专家第三方人士组成重大专项的审查组，对8个重大专项、各重大研究课题，逐项审查，认真评估，对执行情况、存在问题、相关因素及最终结果进行实事求是的评估，肯定优点、发现缺点、提出改进措施。
二、对每个重大科技专项及课题分类评估：
1、已经完成研究计划、有重大创新、发展及贡献，经费使用合理，并完成审计验收者应予
表扬。
2、已经完成研究计划、有重大创新、发展贡献，经费使用合理，尚未完成验收。责任在主
管部门，应抓紧完成验收工作。
3、未完成研究计划，不能结题，不能验收，又可分为几类情况：
① 原计划不合理，要求过高，脱离实际，无法完成，或课题选择不当无必要完成者，应结束课题。
②由于主、客观条件不够，虽经努力，久攻不下，未能按期完成计划者，应重新评估课题的前景，或是持久强攻，或是尽早下马。
③由于非技术、非学术因素，或非预期因素干扰，未能按期完成计划者，应排除干扰，
努力完成任务，及时结题验收，督促完成研究工作。
④主观不努力，应该完成而未完成研究计划者，应予批评，督促完成研究工作。
不同情况，应有不同评价结论及不同处理意见。
三、要查清各种不正当行为或现象，有多少“裁判员”又是“运动员”，有多少顶层专家、正副设计总师、首席科学家、主要审评委员、主要决策者、执行者，同时又是重大专项（课题）负责人？他们承担多少重大项目？获得多少科研费？有多少重大突破及杰出贡献？有多少成为“包工头式专家”垄断大量课题和科研经费，再层层转包，使研究工作有数量无质量，成为政绩、业绩、荣誉，而不是真正的科研工作。
四、“十一五”重大科技专项转化为生产力或产品的转化率是多少？在学术上有重大创新突破的有多少？保质保量完成研究任务者占多少？将在“十二五”继续滚动支持或承担新的重大专项者是多少？
过去检查以肯定成绩为主，以突出政绩、业绩为主，以检查第一线科研人员为主，今后应该以实事求是的科学态度，既肯定优点与成绩，也查出问题与缺点，既要总结成功的经验，也要总结不成功的教训，特别是对顶层设计者、正副总设计师、首席科学家、主要决策者、执行者、监督者们以及各级主管部门的工作，特别是以权谋私、拉山头搞帮派，形成垄断学术的隐形集团等。另一方面应重点检查各重大专项负责人，各重大课题组长，在科研工作中的组织、领导及完成科研计划的全过程起了什么作用？对于未完成研究任务应负的责任，对于已完成任务并有重大贡献的课题起了什么作用？全面准确、客观的给予评价，为科技改革奠定基础。