2012年国家自然科学基金委员会（NSFC）与国际农业磋商组织（CGIAR）下属8个中心（研究所）将共同资助双方科学家开展合作研究。经公开征集，根据国家自然科学基金委员会有关规定，共有以下25项申请通过初审：
| 序号 | 科学部 编号 | 项目名称 | 申请人 依托单位 | CGIAR方合作者 CGIAR方合作单位 |
| 1 | 312111034 | 中国栽培植物野生近缘种的生态学保护研究 | 魏伟 中国科学院植物研究所 | Bhuwon Ratna Sthapit Bioversity International |
| 2 | 312111037 | 我国香蕉野生近缘种种质资源的保护、评价及抗病基因挖掘 | 葛学军 中国科学院华南植物园 | Nicolas Roux Bioversity International |
| 3 | 312111022 | 木薯低温响应、主要病虫遗传基础研究和抗性育种 | 郭建春 中国热带农业科学院 | Clair Hershey International Center for Tropical Agriculture (CIAT) |
| 4 | 312111031 | 木薯种质资源综合评价 | 李志英 中国热带农业科学院 | Hernán Ceballos International Center for Tropical Agriculture (CIAT) |
| 5 | 312111036 | 柱花草种质资源的系统评价及遗传多样性分析 | 罗丽娟 海南大学 | Michael Peters International Center for Tropical Agriculture (CIAT) |
| 6 | 312111023 | 木薯全基因组关联分析及分子设计育种模型 | 王文泉 中国热带农业科学院 | Luis Augusto Becerra López‐Lavalle International Center of Tropical Agriculture (CIAT) |
| 7 | 312111017 | 牛热休克蛋白gp96增强T细胞免疫应答应用机制研究 | 刘文军 中国科学院微生物研究所 | Vishvanath Nene International Livestock Research Institute (ILRI) |
| 8 | 312111035 | 基于组学方法研究瘤胃中秸秆代谢相关微生物的生态结构和功能 | 王加启 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 | Etienne De Villiers International Livestock Research Institute (ILRI) |
| 9 | 312111021 | 马铃薯晚疫病广谱抗性主效QTL精细定位、基因克隆、抗性机理及应用研究 | 谢从华 华中农业大学 | Bonierbale Merideth International Potato Center (CIP) |
| 10 | 312111030 | 四倍体马铃薯基因组序列图绘制方法体系的建立 | 黄三文 中国农业科学院蔬菜花卉研究所 | Merideth Bonierbale International Potato Center (CIP) |
| 11 | 312111019 | 全球变暖条件下高温对水稻产量形成和氮利用效率影响的机理与调控研究 | 崔克辉 华中农业大学 | Jagadish S.V.K. International Rice Research Institute (IRRI) |
| 12 | 312111027 | 大气 CO2 浓度与气温升高对水稻生长发育和产量形成过程的影响 | 朱建国 中国科学院南京土壤研究所 | Tao Li International Rice Research Institute (IRRI) |
| 13 | 312111028 | 长江中下游应对气候风险高产高效水稻系统可持续发展模式研究 | 陶福禄 中国科学院地理科学与资源研究所 | Bas Bouman International Rice Research Institute (IRRI) |
| 14 | 312111043 | 2000 份多样性的国际水稻种质抗病性及产量性状全基因组关 | 刘斌 广东省农业科学院 | Hei Leung International Rice Research Institute (IRRI) |
| 15 | 312111044 | 水稻种质资源高产、抗旱有利基因高效挖掘及其利用的基础研究 | 徐建龙 中国农业科学院作物科学研究所 | Guoyou Ye International Rice Research Institute (IRRI) |
| 16 | 312111045 | 小麦品种对条锈菌持久抗病性遗传组分及机制研究 | 徐世昌 中国农业科学院植物保护研究所 | Ravi Singh The Centro Internacional de Mejoramiento de Maizy Trigo（CIMMYT） |
| 17 | 312111041 | 基于exon capture的小麦全基因组关联分析 | 贾继增 中国农业科学院作物科学研究所 | Matthew Reynolds The Centro Internacional de Mejoramiento de Maizy Trigo（CIMMYT） |
| 18 | 312111042 | 玉米氮和磷高效利用效率与耐贫瘠优异基因资源发掘与验证 | 谢传晓 中国农业科学院作物科学研究所 | Boddupalli M Prasanna The Centro Internacional de Mejoramiento de Maizy Trigo（CIMMYT） |
| 19 | 312111032 | 半干旱黄土高原侵蚀坡地植被生态-经济功能评价与混农林业模式研究 | 王飞 中国科学院水利部水土保持研究所 | Andreas Wilkes World Agroforestry Center (ICRAF) |
| 20 | 312111016 | 气候变化对混农林用树种植物—土壤反馈系统的作用 | 余世孝 中山大学 | Edmundo Barrios World Agroforestry Centre (ICRAF) |
| 21 | 312111038 | 气候变化情景下典型土地利用方式的土壤固碳潜力研究 | 吴文良 中国农业大学 | Andreas Wilkes World Agroforestry Centre (ICRAF) |
| 22 | 312111024 | 世界蓖麻种质资源的遗传多样性研究与种质资源发掘 | 刘爱忠 中国科学院西双版纳热带植物园 | Ramni Jamnadass World Agroforestry Centre (ICRAF) |
| 23 | 712111004 | 发展中国家农村集群式发展政策与贫困的比较研究 | 阮建青 浙江大学 | Xiaobo Zhang International Food Policy Research Institute (IFPRI) |
| 24 | 712111005 | 中非农业公共政策与农村贫困的比较研究 | 张海森 对外经济贸易大学 | Kevin Chen International Food Policy Research Institute (IFPRI) |
| 25 | 712111006 | 变化市场中农产品价值链转型及价格、食品安全的互动关系 | 孔祥智 中国人民大学 | Bart Minten International Food Policy Research Institute (IFPRI) |
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