大多数的稿件在被期刊接受前需要经历至少一次修稿，作者在收到大修或小修的决定后，必须根据审稿意见修改论文，然后将修改稿重新递交给期刊，同时附上逐点回复，在返还修改稿的时候，还需要递交 cover letter，这封信通常称为response letter（回复信）或rebuttal letter（反驳信）。
写封好的修回信（response letter，rebuttal letter）很重要，一般有两种写法：
1. 单独写回复信，然后将给同行评审的逐点回复附加在后
2. 将反驳信分成两部分，第一部分写给期刊编辑，第二部分包含给评审意见的详尽回复
信的开头要提供论文题目和投稿编号，用一小段篇幅感谢审稿人的宝贵时间与贡献，谢谢他们提供的意见，这些肯定能帮助改善论文云云，从感谢开始的修回信能让整封信传达正面的信息。
如果打算把逐点回复分开来放，可以简短列出根据评审意见进行的主要修改是哪些，然后说明会将逐点回复另外附加；如果是将逐点回复放在信里，可以说回复在后。
回复审稿意见有时候是艰难的任务，尤其是意见又多又长的时候，以下是撰写回复信/反驳信该注意的事项：
1. 不要漏掉任何期刊编辑或审稿人提出的意见：将所有的意见完全复制到信里面，然后在每一点意见后面提供清楚详细的回复，一定要确认编辑和审稿人所有提出的点都回复了，即使有不同意或是没有修改的点，也要说明原因。
2. 提供逐点回复：将评审意见编号，顺序回复，将论文中的修改处标示出来或是指出论文修改前后的个别行数，可以将审稿意见加粗，与回复内容做区别。
3. 分类审稿意见：如果意见很多，可以试着将它们进行分类，例如将方法相关的意见分在一起、语言相关的一组等等，如果将意见进行分组，记得在信里提及“I have separated my responses to the reviewers’ comments according to several categories in order to achieve an integrated approach in my responses”。
4. 如果评审意见是以段落方式呈现，将它们拆成点列式：如果评审员的意见是长长的段落，可以将之分离成点各别回应，如果不确定某项意见的意思，可以先解释自己对该意见的理解，然后再进行回复。
5. 如果觉得评审员有所误解，可以礼貌地厘清：同行评审员通常是领域内的专家，如果认为审稿人误解了论文里的任何段落，有时候很有可能是因为表达不够清楚，这种情况下，可以礼貌性的指出误解然后提供必要的说明，可以这么写“I am sorry that this part was not clear in the original manuscript. I should have explained that （详细说明）. I have revised the contents of this part”。
6. 如果无法处理任何意见，记得说明原因：如果有无法处理的意见，比如说审稿人要求提供更多数据或是补做实验，而你认为没有必要，还是要说明为什么不做，避免像是经费不够或是没有时间这种私人理由，也不要表现出负面的态度，回复中要表现出对意见的重视和尊重，首先感谢评审员的深度分析和实用的意见，然后说明无法完全同意审稿意见，回答必须要清楚有逻辑并有证据支持。
7. 若添加任何新的数据或图片，要提及它们在论文的什么位置：如果在修改过程中加入了新的数据、表格、图片等资料，记得指出它们的所在位置，必要的话，夹带补充资料给审稿人和编辑，如此他们可以直接对照，不用一个一个搜寻。
8. 回复语调必须尊重有礼：请记住，审稿人花费了大把的时间评估论文，即使有些意见不是那么正面，也不要认为审稿人是在针对自己，审稿人评论的是工作，而不是个人，他们的意见为你的工作带来附加价值，或有你认为不好或是无理的意见，回复的时候语调要维持尊重有礼。有时候审稿意见可能会互相冲突，但记住他们都会看修回信，所以对每一位审稿人都要有礼貌，信的语调是非常重要的。
9. 做出适当的总结：注意反驳信的结尾，像“Since all the corrections have been made, we hope the manuscript will now be accepted without any further changes”这样的结尾可能会过于自负，如果要直接又不失礼，可以这么说：We look forward to hearing from you regarding our submission. We would be glad to respond to any further questions and comments that you may have，这样的结尾正式有礼也表达了愿意在必要的情况下进行更多修改的意愿。
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