剽窃（抄袭）被视为发表文献完整性的最大威胁之一，而剽窃占据撤稿原因的比例持续增加，也让期刊对投稿轮文是否有剽窃行为变得更加警觉。查重软件能有效帮助重复发表发生的几率，也提高文献的质量，不过完全依赖查重软件可能会阻碍高质量的论文发表，像是高度技术性的文章跟专有名词，查重软件就无法精确检查出来。
这个问题在由COPE（Committee on Publication Ethics，出版道德委员会）委托、浙江大学学报的作者Zhang Y与Jia X执行的一项研究中被提出。作者对英语和非英语为母语的国家期刊编辑进行了一项严格的调查，了解他们是怎么使用iThenticate发行的查重软件CrossCheck，以下是关于这样研究的要点：
在219份回应里，有42%的人将CrossCheck运用在投稿过程中，但问到对软件的依赖程度时，大多数（66%）的编辑表示他们是将CrossCheck报告与编辑部评估/同行评审意见合并使用，而少部分的人（20%）表示他们只采信软件报告，并将百分比过高的论文直接拒绝；另一小部分的编辑（10%）说他们会针对有剽窃嫌疑的部分征询同行评审的意见，极少数的人（4%）会要求作者进行解释。总的而言，编辑无法接受查重结果大于50%的稿件并倾向做出“拒绝”的决定。
再者，大部分的编辑不接受直接复制贴上内容，应加以改写并注明引用来源，不过，有些编辑能够容忍在学术论文的材料与方法章节里有一些内容是复制贴上，因为这个部分通常包含技术用语且这些写法没有办法做太大的改变。
许多期刊编辑看似知道查重软件的限制并慎重使用，也会向作者或同行评审员咨询，甚至，他们似乎也注意到有时候改写是很困难的，所以也能容许这些论文存在。尽管如此，有些期刊编辑过度依赖软件并直接拒绝百分比过高的稿件是不争的事实。
我们建议作者在投稿前先用查重软件检查一遍，相近指数超过50%以上的话就要特别小心，如果重复的内容主要是在材料与方法章节或是无法改写的技术内容的话，可以尝试在投稿信（cover letter）中说明，其余的部分应尽量在投出前进行修改。